대학 총장을 선출하는 방식에서 직선제와 간선제를 두고 갈등이 발생하고 있다. 대통령까지도 간선제로 뽑던 대한민국사회에서 민주화의 열기와 함께 1987년 6월 29일 대통령 직선제를 수용한다는 선언이 있었다.
대학가에도 직선제로 총장을 선출하는 대학이 점점 늘어나면서 사회 전반에 민주주의에 바탕을 둔 문화가 뿌리내리고 있었다. 하지만 이명박 정권은 2009년부터 국·공립대학 중 법인화를 원하면 대학이 특수법인으로 전환되고 총·학장 선출 방식도 직선제에서 간선제로 바꿀 수 있도록 하였다. 당시 교육인적자원부는 ‘국립대학법인의 설립·운영에 관한 특별법’을 국무회의를 통해 통과시키고 국회에 이 법을 상정했다.
‘국립대 특별법’은 국립대를 국가로부터 독립된 법인형 조직으로 구성하고, 학내 구성원 위주의 운영체제를 다수의 외부인사가 참여하는 운영체제로 전환해 인사, 조직, 재정 등의 자율성을 확보하도록 하는 내용을 골자로 하고 있다. 국립대가 법인화가 되면 총·학장이 법인의 대표자로 대학운영에 관한 최종 책임을 지게 되며 교수 직선제 방식의 총·학장 선출은 총·학장선출위원회를 통한 간선제로 바뀌도록 하였다.
총·학장의 선출방식은 ‘선출위원회’에서 2-3인의 후보자를 뽑아 이사회에 제출하면 이사회가 1인을 선임하며, 임기는 4년이며 연임할 수 있도록 하였다. 또한 교무회의와 교수회 중심이었던 의사결정 구조도 학내외 인사가 참여하는 이사회 중심으로 변경된다. 이사회는 15인 이하로 구성하되 총장 1인을 포함해 내부 인사가 6명, 교육부와 기획예산처 추천인사 각 1명을 포함해 외부인사가 9명이 돼야 한다. 법인 전환 이후에도 기존 교직원의 고용승계를 보장하며 교직원연금은 공무원연금이 아닌 사학연금을 적용하기로 했다.
이러한 국립대 특별법은 국립대 법인화로 인해 예산 확보 문제가 생기면 등록금 인상 등 부작용이 발생하게 된다. 가장 큰 문제는 국립대가 사립화 되는 부작용과 총·학장 간선제 선출방식이다.
현재 전국에서 총장선출을 둘러싸고 직선제와 간선제의 갈등을 겪고 있는 대학은 ‘전북대, 부산대, 경북대, 전남대, 목포대’ 등이다. 하지만 점차적으로 그 숫자는 더 늘어날 전망이다. 최근에는 강원대에서도 교수회 의장을 총장이 맡아 갈등의 골이 깊어지고 있다. 교수회는 학칙을 바로 세우자는 현수막을 교내 곳곳에 걸면서 “교수회 대학평의원회 체제로 학칙개정을 요구한다!”라는 현수막과 “교수회 의장을 총장이 맡는 것이 웬 말이냐! 학칙을 바로 잡읍시다!”라는 현수막을 내걸었다.
현재 대학총장 직선제선출에 가장 앞장서 있는 곳은 전북대(총장 서거석)이다. 전북대는 지난 11월 28일부터 12월 4일까지 총장선거를 직선제로 할 것인가 말 것인가 투표를 진행했다. 투표 결과는 전체 투표권자 수 988명 중 716명이 투표에 참여하여 투표율 72.5%를 기록하였으며, 직선제 찬성 586명으로 81.8%의 득표율을 받았으며, 직선제 반대는 113명으로 15.8%의 득표율을 나타냈다. 무효 투표수는 17명으로 전체 득표율에서 2.4%를 차지했다. 이번에 진행된 투표에서 유효투표율로는 찬성 83.8% VS 반대 16.2%의 결과가 나온 것이다.
전북대학 교수회(회장 이왕휴)와 대부분의 교수들은 학문의 자유와 교수들의 양심을 지키기 위해서는 총·학장 직선제가 바람직하다고 결정을 내렸으나, 대학본부는 교과부에서 간선제를 폐지하고 직선제를 유지하면 재정지원금을 대폭 삭감하거나 환수조치를 하겠다고 밝혀 대학운영이 어려워 질것이라고 주장하고 있다.
한편 전북대는 1990년부터 총장직선제를 유지하고 있었다. 하지만 이명박 정권인 2011년 8월에 교과부가 “교육역량강화사업 평가지표로 총장직선제 폐지를 연계한 2단계 국립대학 선진화방안”을 내세워 간선제를 채택할 것을 강요하다가 2012년 7월에 정부의 재정지원금 문제로 간선제를 선택하게 되었다.
총장을 직선제로 선출하는 것은 투표권을 가진 교원 모두가 참여 가능하지만, 직선제는 ‘임용추천위원회’의 추천에 의해 선출되게 된다. 하지만 더 큰 문제는 이명박 정권하에서 국립대학을 사립화하며 국영기업을 민영화하려는 끊임없는 시도 속에 추진된 정책이라는 것과 교과부가 재정지원금을 무기로 국립대학의 법인화 강요와 총장 직선제 폐지를 강요한 것이다. 이는 명백히 민주주의에 반대하는 행위이기에 현 시국에서 더 심각한 문제로 떠오르고 있다.